Фамилия Махонов образована от ласкательного прозвища Махон, которое восходит к слову "махонький". Так родители обычно называли новорожденного. Кроме того, прозвище Махон мог получить и низкорослый, миниатюрный человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Махон, со временем получил фамилию Махонов.