Фамилия Махонькова образована от мирского имени или прозвища Махонький, которое в старину означало «самый малый». Если разобрать слово по составу, в основе лежит прилагательное «махонький» — ласковое, уменьшительное обозначение чего-то очень маленького. Чаще всего так называли самого младшего ребенка в семье, и это объяснение выглядит самым естественным: родители, глядя на последыша, не мудрствуя, звали его Махоньким. Позже это именование закрепилось за человеком и перешло к его потомкам через традиционную модель с суффиксом -ов: сын Махонького становился Махоньковым, а его жена или дочь — Махоньковой.

Впрочем, есть и вторая версия, которую не стоит сбрасывать со счетов: прозвище Махонький могло отражать не возраст, а внешность обладателя. Невысокий ростом, щуплый или просто миниатюрный человек вполне мог получить такое прозвище от соседей или родни, и оно прилипало к нему на всю жизнь. Обе гипотезы сходятся в главном — корень у фамилии один, и он связан с представлением о малом размере, будь то возраст или комплекция. Правдоподобнее выглядит первая версия с младшим ребенком: в крестьянском быту, где детей было много, различать их по старшинству было насущной необходимостью, и ласковое «махонький» для последнего ребенка звучит органичнее, чем обидное прозвище для взрослого мужчины.

Фамилия эта — редкий пример того, как чисто народное, диалектное слово попало в официальную антропонимию. В письменных источниках форма «Махонький» встречается в южнорусских говорах, где слово «махонький» употреблялось именно в значении «крошечный, малюсенький». Литературное «маленький» в ту пору звучало иначе, а вот просторечный вариант закрепился в именовании человека. Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: буквально Махоньков — это «сын Махонького». Такая модель была самой распространенной на Руси в XVI–XVII веках, когда фамилии только складывались у крестьян и посадских людей.

Особенность этой фамилии в том, что она не имеет отношения ни к каким профессиональным прозвищам, ни к географическим названиям. Это чисто семейное, домашнее имя, вышедшее из круга родных и ставшее официальным. Если ваш предок носил фамилию Махоньков, почти наверняка в его роду был человек, которого за малый рост или за то, что он родился последним, звали ласково Махоньким. Потомки этого человека, разъехавшись по разным губерниям, сохранили память о нем в своей фамилии, и сегодня она звучит как отголосок той простой деревенской жизни, где прозвище говорило о человеке больше, чем иное документное имя.