Фамилия Махоньков образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Махоньков послужило мирское имя Махонький. Мирское имя Махонький берет начало от аналогичного прилагательного со значением «самый малый». Вероятно, родители назвали Махоньким самого младшего ребенка в семье. Возможно также, что фамилия Махоньков образована от прозвища Махонький, которое имеет ту же этимологию, что и имя. Можно предположить, что именование Махонький отражает особенности внешности его обладателя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Махонький, со временем получил фамилию Махоньков. О точном месте и времени возникновения фамилии Махоньков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Махоньков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.