Фамилия Махонька — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою уменьшительно-ласкательную форму. В основе лежит украинское или южнорусское слово «махонький» — то есть маленький, крохотный, невысокий. Так могли прозвать человека невысокого роста, младшего в семье или просто того, к кому относились с теплотой. Суффикс -к- здесь не фамильный, а исходный, уменьшительный: фамилия буквально значит «маленький» или «малыш».

Словообразовательная модель прозрачна: от прилагательного «махонький» отсекли окончание, и прозвище Махонька закрепилось как фамилия. Это типично для украинской и белорусской традиции, где фамилии нередко оформлялись без дополнительных суффиксов (вроде -ов или -ин), а просто переносили прозвище в именительный падеж. В русских говорах та же основа чаще обрастала суффиксом: отсюда фамилии Махоньков, Махонькин, Махонин. Махонька — более архаичный, «прямой» вариант.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу: Украина, Беларусь, южные области России (Курская, Белгородская, Воронежская). Встречается она нечасто, что неудивительно — прозвище на -к- в чистом виде редко становилось наследственным. Обычно такие формы со временем обрастали патронимическим суффиксом, и Махонька могла превратиться в Махонькина уже у детей.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным глаголом «махать» или «махонькать» (качать, укачивать). Но она слабая, поскольку в говорах нет устойчивого прозвища Махонька в значении «качающий». Основное значение — «маленький» — подтверждается и параллельными формами: Махотка, Махоня, Махонький в тех же регионах.

Сословной принадлежности у фамилии нет: её могли носить и крестьяне, и мещане. Прозвище давали по внешнему признаку, а не по роду занятий. Так что предки человека с фамилией Махонька с большой вероятностью были людьми невысокого роста, и это запомнилось окружающим настолько, что стало родовым именем.