Основой фамилии Махоньков послужило мирское имя Махонький. Мирское имя Махонький берет начало от аналогичного прилагательного со значением «самый малый». Вероятно, родители назвали Махоньким самого младшего ребенка в семье. Возможно также, что фамилия Махоньков образована от прозвища Махонький, которое имеет ту же этимологию, что и имя. Можно предположить, что именование Махонький отражает особенности внешности его обладателя. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Махонький, со временем получил фамилию Махоньков.