Фамилия Малёхонькова — редкий пример, когда в основе лежит не имя и не профессия, а качественная форма прилагательного. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, образованных от существительных (Кузнецов, Иванов), эта фамилия напрямую происходит от слова «малёхонький» — народного варианта слова «маленький» с уменьшительно-ласкательным суффиксом -ёхоньк-. Такая форма характерна для русских говоров: «малёхонький» значит «очень маленький», «крошечный», «незначительный».

Словообразовательная модель проста: основа «малёхоньк-» + суффикс -ов, указывающий на принадлежность (чей сын? — Малёхонькова). Фамилия закрепилась в женском роде, но первоначально относилась к мужчине: Малёхоньков, а затем по традиции перешла к потомкам. Встречается также вариант Малёхоньких (с суффиксом -их, типичным для северных и сибирских регионов), но Малёхонькова — более распространённая форма.

Прозвище «Малёхонький» могли дать человеку невысокого роста, щуплому телосложению или, в переносном смысле, скромному по положению. В крестьянской среде такие прозвища не несли уничижительного оттенка — это была бытовая характеристика, как Толстой, Кривой или Беляк. Важно, что фамилия не имеет отношения к малорослости как болезни: «малёхонький» в народной речи — ласковое слово, почти синоним «малюсенький».

География фамилии узкая. По данным открытых источников, Малёхоньковы встречаются преимущественно в Центральной России, особенно в Тверской и Смоленской областях, а также в Поволжье. Это указывает на диалектную привязку: форма «малёхонький» активнее всего бытовала именно в этих регионах. Фамилия не получила широкого распространения из-за своей специфики — она осталась локальной, не «ушла» в дворянские сословия.

С точки зрения социальной истории, Малёхоньковы — почти наверняка потомки крестьян или мещан. В дворянских родословных книгах фамилия не фиксируется: слишком «бытовое» прозвище, без связи с землевладением или службой. Это не делает её менее ценной для исследователя — напротив, такие фамилии лучше всего отражают живую народную речь и систему прозвищ, которые впоследствии становились родовыми именами.