Фамилия Малехонов — редкая, с запутанным корнем, который не лежит на поверхности. Скорее всего, в её основе лежит нецерковное имя или прозвище Малехон. Слово «малый» здесь слышится отчётливо, но прямой связи с прилагательным «маленький» нет: русские прозвища редко образовывали с суффиксом -ехон. Такой суффикс — уменьшительно-ласкательный, характерный для народных форм имён (Антон — Антоха, Макар — Макаха). По аналогии Малехон могло быть производным от имени Малахий (в народе — Малах, Малаха) или от редкого крестильного имени Малех, которое встречается в святцах. В этом случае прозвище означало бы «маленький Малах» или просто «Малех», но с ласковым окончанием.

Есть и другая версия, более прозаичная: основа могла пойти от диалектного слова «малеха» — так в некоторых южнорусских говорах называли малорослого, щуплого человека. Тогда Малехон — это «сын Малехи», то есть человек, чей отец носил прозвище по внешности. Суффикс -онов (вместо более привычного -ов) указывает на то, что фамилия могла формироваться в среде, где окончание -онов встречалось как вариант, особенно в фамилиях от основ на мягкий или шипящий согласный: Малехонов — от Малехон, а не от Малеха.

Географически фамилия не массовая. Встречается в основном в центральных и южных регионах России, с некоторой концентрацией на Дону и в бывших казачьих областях. Это косвенно подтверждает, что предки Малехоновых могли быть выходцами из крестьянской или казачьей среды, где прозвища по внешности и уменьшительные формы имён были особенно живучи.

Социальный статус носителей фамилии в дореволюционной России, скорее всего, был простым: однодворцы, государственные крестьяне или казаки. Дворянских родов с такой фамилией в гербовниках нет. Словообразовательная модель — типичная для русских фамилий на -ов, но с редким суффиксом -ехон, который делает фамилию необычной и сразу отличает её от более частых Малаховых или Малыхиных.