Фамилия Малёхин принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ин. Она образована от прозвища, имени или мирского имени Малёха. Основа здесь — корень «мал-», указывающий на небольшой рост, юный возраст или младшее положение в семье. Суффикс -ёх- (-ех-) в русских прозвищах выполнял экспрессивную роль: он придавал слову оттенок уменьшительности, ласкательности или, наоборот, пренебрежения. В результате Малёха — это «маленький человек» или «младшенький». Такие прозвища были очень живучи: Малёхой в деревне могли назвать невысокого крестьянина, самого младшего сына или парня, который поздно женился.

Модель образования «прозвище на -а → фамилия на -ин» — одна из самых старых в русской антропонимии. Она прямая и прозрачная: Малёха стал Малёхиным, то есть «сыном Малёхи» или «человеком из семьи Малёхи». Фамилия закрепилась в центральных и южнорусских регионах. По данным переписей XIX — начала XX века, Малёхины были особенно часты в Воронежской, Тамбовской, Рязанской и Орловской губерниях. Это зона позднего закрепощения и активного переселенческого движения, где фамилии часто фиксировались по прозвищам, а не по имени отца или ремеслу.

Обратим внимание на редкий суффикс -ёх-. В русской ономастике он встречается реже, чем обычные -к- или -ш-. Фамилии с такой основой (Малёхин, Пантюхин, Горячев и т.п.) нередко несут на себе печать диалектного произношения. В северных и сибирских говорах «малёха» могло означать не только «малыш», но и «недомерок» в прямом смысле — например, мелкое яйцо или недоросший овощ. Вряд ли прозвище было обидным: скорее, его давали по-родственному, как домашнее имя.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с календарным именем Малахия (от древнееврейского «посланник Бога»). В народном произношении оно могло сократиться до Малёха. Однако эта гипотеза слабая: имя Малахия в русской крестьянской среде было редким, а фамилии от него (Малахов, Малашкевич) обычно образуются через другие суффиксы. Правдоподобнее считать Малёхина потомком человека по прозвищу Малёха — и это не делает историю фамилии беднее, а наоборот, связывает её с живым деревенским бытом, где рост и возраст были главными приметами человека.