Фамилия Малегонова — женская форма фамилии Малегонов, а её основа, скорее всего, связана с глаголом «малевать» (рисовать, красить, писать красками). В старину так называли не только художника-иконописца, но и маляра, который красил стены, крыши или расписывал домашнюю утварь. Прозвище Малегон мог получить человек, чья профессия или склонность к рисованию бросалась в глаза: возможно, он был богомазом при церкви или просто любил разрисовывать ставни и заборы.

Суффикс -онов указывает на патронимическое происхождение: Малегонов — буквально «сын Малегона». Форма с -онов, а не с -ев, встречается реже и говорит о том, что в основе лежит не имя, а именно прозвище, которое склонялось по твёрдому типу (как «стол» — «столом», «Малегон» — «Малегоном»). Если бы фамилия образовалась от имени вроде Малей или Малеха, суффикс чаще был бы -ев или -ин.

В говорах встречается слово «малега» — так в некоторых регионах называли низкорослого или щуплого человека. Но связь с малеванием надёжнее: прозвища от ремёсел образовывались куда чаще, чем от внешности, да и звучание «Малегон» (с ударением на последний слог) ближе к глагольной основе.

Фамилия редкая, недворянская. В дореволюционных списках Малегоновы встречаются в основном среди крестьян и мещан центральных губерний — Тверской, Ярославской, Владимирской. Там же, в иконописных сёлах вроде Палеха или Холуя, мог работать и первый носитель прозвища.