Фамилия Малегова — женская форма фамилии Малегов, и её происхождение стоит искать в прозвище или имени предка-мужчины. Модель образования здесь классическая: основа «Малег-» плюс суффикс -ов, который в русских фамилиях указывал на принадлежность («чей сын?» — Малегов). Суффикс -ов в данном случае присоединился к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный «г», что типично для русских фамилий, образованных от полных или усечённых личных имён и прозвищ.

Корень фамилии, «Малег», — наиболее спорная и интересная часть. Первая и самая вероятная версия: это вариант имени Малахия (древнееврейское «посланник Бога») или его народной формы Малафей, Малах. В русской простонародной среде имя Малахия нередко сокращалось и видоизменялось: через усечение и озвончение глухого «х» в «г» (характерное для некоторых говоров) могло получиться Малег. Тогда Малегов — буквально «сын Малега», то есть потомок человека, носившего это библейское имя. Эта версия подкрепляется тем, что в XVI–XVII веках на Руси встречались фамилии, образованные от подобных уменьшительных форм церковных имён (например, Малеев от Малафей, Малахов от Малахия).

Вторая версия отталкивается от диалектного слова «малега» или «малег». В некоторых северных и сибирских говорах «малегой» называли низкорослого, тщедушного человека, либо, наоборот, нерасторопного, «малого» в переносном смысле. Прозвище Малега мог закрепиться за человеком невысокого роста или хилого телосложения, а его дети стали Малеговыми. Эта версия менее распространена в ономастической литературе, но имеет право на существование, особенно если учесть, что прозвища по физическим качествам давали очень часто.

С географической точки зрения фамилия Малегов (и Малегова) не является массовой. Она встречается преимущественно в центральных областях России и в Поволжье, но без ярко выраженного «гнезда». Это говорит о том, что фамилия возникла не в рамках одного большого рода, а независимо в нескольких местах — там, где жил человек с прозвищем или именем Малег. В дворянских родословных книгах она не значится, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение большинства носителей.

Ещё одна деталь, отличающая эту фамилию от похожих: ударение в ней, скорее всего, падает на второй слог — Мале́гова. Это следует из того, что в полных именах типа Малахия ударение часто смещалось, и производные формы наследовали ударную позицию. Если бы ударение падало на первый слог (Ма́легова), фамилия звучала бы как образованная от имени Малег — а это редкая форма. Таким образом, перед нами типичный случай переосмысления церковного имени в бытовой среде, закреплённый в фамилии.