Фамилия Малегин — одна из тех, чья история упирается в прозвище, а не в крестильное имя. Основа здесь — слово «малега». И сразу возникает вопрос: что оно значило? В русских говорах, особенно северных и уральских, «малега» или «маляга» — это человек маленького роста, коротышка, недоросль. Слово образовано от прилагательного «малый» с экспрессивным суффиксом -ег-/-яг- (сравните: «бедняга», «скромняга», «здоровяга»). Так что первый и самый прямой смысл фамилии — «сын (или потомок) того, кого прозвали Малёгой», то есть низкорослого человека.

Но есть и второй, менее очевидный пласт. В тех же диалектах «малега» могло означать не только человека, но и предмет — например, мелкую рыбу или небольшой кусок чего-либо. Прозвище могли дать не за рост, а за характер: так называли незлобивого, тихого человека, «маленького» в переносном смысле — незначительного, незаметного. В любом случае, перед нами не аристократическая фамилия, а типично крестьянская, «прозвищная», каких тысячи на Русском Севере и в Поволжье.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Малегин буквально значит «чей? — Малегин», то есть из семьи Малеги. Это стандартная модель русских фамилий от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я. Если бы основа звучала как «Малег» (без окончания), фамилия была бы Малегов, но перед нами именно женский тип склонения в основе, что для прозвищ на -а очень характерно.

Интересно, что фамилия редкая и не имеет широко известных дворянских ветвей. В дореволюционных справочниках Малегины встречаются в основном среди крестьян и мещан Вологодской, Вятской и Костромской губерний — как раз там, где слово «малега» бытовало в живой речи. Никакой связи с тюркскими или иноязычными корнями нет: это чисто славянское образование, и версия о «малом» остаётся единственной убедительной.