Основой фамилии Малекин послужило мирское имя Малека. Мирское имя Малека восходит к прилагательному «маленький». Малекой родители называли ребенка, вероятно, желая подчеркнуть миниатюрность своего малыша. Подобные мирские имена (Малюта, Малец, Малюк, Малой) были очень распространены в XI-XVI веках среди всех сословий и на всей территории расселения восточных славян. По другой версии, в основе фамилии Малекин лежит прозвище Малека, которое могли дать невысокому человеку. Согласно еще одной гипотезе, в основе прозвища Малека лежит диалектное слово «малеки», которое в петербургских говорах означало «хохол, чуб, виски, волосы». Поэтому прозвище Малека могли дать тому, кто носил чуб, или человеку с густыми непослушными волосами. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малека, со временем получил фамилию Малекин.