Фамилия Малекин — одна из тех, что хранят в себе живое слово, прозвище или имя, данное не по святцам, а по-домашнему, от сердца. В её основе лежит мирское имя или прозвище Малека. Чаще всего его связывают с прилагательным «маленький». Родители могли назвать так ребёнка, желая подчеркнуть его миниатюрность, хрупкость. Это вполне вписывается в древнерусскую традицию: имена Малюта, Малец, Малюк, Малой были распространены повсеместно с XI по XVI век и встречались у всех сословий восточных славян.

Есть и другая версия: не ласковое имя, а прозвище. Малекой могли прозвать невысокого взрослого человека — по тому же признаку роста. Третья гипотеза ведёт в петербургские говоры, где словом «малеки» называли чуб, хохол, вихры. В таком случае прозвище Малека мог получить обладатель густой шевелюры или тот, кто носил длинный чуб. Какая из версий вернее — сказать трудно, но все три опираются на живые диалектные слова.

Сама фамилия образована по простой и ясной модели: к основе Малек- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Малеки). Такая модель типична для русских фамилий, возникших из прозвищ и мирских имён. В итоге Малекин — это потомок человека по имени или прозвищу Малека.