Фамилия Малекина — женская форма, а её основа — мужское прозвище Малека. В русской традиции фамилии на -ин образовывали от основ, оканчивающихся на -а/-я, и отвечали на вопрос «чей?»: «сын Малеки». Разберём, откуда взялось это прозвище и что оно могло означать.

Первая версия отсылает к месту жительства. В некоторых говорах «малека» — это сосновый бор. Если предок жил рядом с таким лесом или владел им, прозвище закрепилось за ним по географическому признаку. Вторая версия — из петербургских говоров, где «малеки» означало «хохол, чуб». Прозвище Малека тогда указывало на причёску: возможно, предок носил длинные волосы или выделялся заметным вихром.

Третья гипотеза — от слова «малёк» в значении «коротыш, малорослый человек». Здесь прозвище давали по внешности — невысокому росту. Из трёх версий эта самая прозрачная: связь «малый — малёк» лежит на поверхности, и такие прозвища по росту в русской ономастике встречаются часто (Малой, Малыш, Малёк). Однако сосновый бор и чуб — тоже возможные источники, хотя и более редкие.

Фамилия Малекина встречается спорадически, без ярко выраженного регионального гнезда. Это говорит о том, что прозвище Малека не было массовым, а возникало в разных местах независимо. Суффикс -ин указывает на древнюю, ещё допетровскую модель образования фамилий, что характерно для крестьянской и посадской среды.