Фамилия Малекова — женская форма, а её мужской вариант — Малеков. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать основу «Малек». Самая вероятная версия: основа восходит к тюркскому слову «малек» (или «малик») — «владыка», «царь», «хозяин». В таком случае фамилия образована от прозвища или мирского имени Малек, которое могли дать человеку в знак уважения или как пожелание богатства и власти. Это типичная модель для многих фамилий тюркского корня на территории России, Казахстана и Средней Азии.

Однако есть и другая версия, связанная с русской диалектной лексикой. В некоторых говорах «малек» — это уменьшительное от «малый» (маленький ребёнок, мальчик, а также мелкая рыбёшка). В этом случае фамилия могла закрепиться за невысоким человеком или за младшим в семье. Правдоподобность этой версии ниже, так как суффикс -ек в русских прозвищах обычно давал формы вроде Малеев или Мальков, а не Малеков. Сочетание суффикса -ов/-ев с основой на -ек чаще указывает на восточное влияние.

Географически фамилия Малеков распространена в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири, а также среди татар, башкир и народов Дагестана. Встречаются носители и в русской среде, что говорит о давних контактах славянского и тюркского населения.

Суффикс -ов в окончании указывает на принадлежность: «чей?» — сын Малека. Это стандартная патронимическая модель, которая закрепилась в русской фамильной системе в XVI–XVII веках. Интересная деталь: в некоторых регионах фамилию могли записать как Маляков — через «я», что отражает местное произношение (аканье). В документах XIX века можно встретить оба варианта написания для одной семьи.