В его основе, скорее всего, лежит существительное «малега» - «сосновый бор». Соответственно, Малегой могли прозвать того, кто жил в сосновом бору. По другой версии, прозвище Малек связано с нарицательным «малек», то есть «маленький». Возможно, Малегой прозвали человека небольшого роста. Кроме того, не исключено, что в основе фамилии лежит дохристианское имя Малега. Малегой родители называли ребенка, вероятно, желая подчеркнуть миниатюрность своего малыша. Подобные мирские имена (Малюта, Малюк, Малец, Малек, Малой) были очень распространены в XI-XVI веках среди всех сословий и на всей территории расселения восточных славян.