Фамилия Малеганова — женская форма, а её мужской вариант Малеганов. В центре внимания здесь не очевидный суффикс -ов, а редкая и трудная основа. Сразу обращает на себя внимание нехарактерное для русских фамилий сочетание «ле» после «ма» — это не типичная модель от имени Малафей или Малах. Скорее всего, перед нами прозвище, образованное от глагольной основы.

Вероятнее всего, корень «малег-» восходит к диалектному глаголу «малегать» или родственным словам. В севернорусских и сибирских говорах «малега» — это низкорослый, щуплый человек, а также нечто мелкое, незначительное (сравните с «малый»). Глагол «малегать» мог означать «делать мелко», «крошить» или «мельчить». Прозвище Малеган, таким образом, могли дать человеку невысокого роста либо тому, кто занимался мелкой работой — например, дробил руду или толок зерно. Суффикс -ан (через -ан-ов) в русских прозвищах часто указывает на носителя признака: Малеган — тот, кто малегает, или просто «мелкий».

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском есть слово «мәлегә» (мелкий, небольшой), которое могло попасть в русские говоры Поволжья. Однако отсутствие характерных тюркских суффиксов (например, -бай, -кай) делает эту гипотезу слабой. Фамилия скорее исконно русская, диалектная.

По географии фамилия Малеганов встречается редко, преимущественно в Вологодской, Архангельской областях и на Урале — то есть в зоне бытования северных говоров. В этих краях «малега» как прозвище было в ходу. Суффикс -ов указывает на патронимическую модель: «сын Малегана», что окончательно закрепило прозвище в качестве фамилии где-то в XVII–XVIII веках.

Сословная принадлежность предков неясна, но по региону бытования это могли быть государственные крестьяне или черносошные — свободные землепашцы Севера. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. В написании стоит обратить внимание на вариант Малеганов без удвоения «н» — это норма для отфамильных образований, где суффикс -ан не двойной.