Фамилия Малагин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов, образованных от названий профессий или крестильных имён, эта фамилия заставляет задуматься о нестандартной основе.

Скорее всего, в основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Малага. В русских говорах слово «малага» имело несколько значений. В одних регионах так называли человека невысокого роста, «малого», «малыша» — то есть прозвище давали по внешнему признаку. В других областях, особенно на юге России, «малагой» могли назвать вялого, медлительного или болезненного человека. Есть и более конкретная версия: в некоторых диалектах «малага» — это разновидность рыбы (например, мелкая плотва или уклейка), так что прозвище могло закрепиться за рыбаком или за тем, кого сравнивали с этой рыбой за вертлявость или худобу.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Малагин — сын Малаги. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. В ономастике подобные фамилии считаются «матронимическими», если основа — женское имя, но в случае с прозвищем Малага пол носителя не имеет значения.

Менее вероятная, но всё же возможная версия — связь с географическим названием. В Испании есть город Малага, но для русского крестьянина XVI–XVII века такое заимствование маловероятно. Однако Малага — это ещё и название сорта винограда, а также креплёного вина, которое ввозили в Россию. В таком случае прозвище Малага мог получить любитель этого напитка или торговец им.

Встречаемость фамилии Малагин фиксируется преимущественно в центральных и поволжских областях России, что характерно для прозвищ, связанных с местными говорами. В документах XVII–XVIII веков носители фамилии могли быть крестьянами или посадскими людьми, но точных данных о сословной принадлежности первых Малагиных нет.