Фамилия Малагина — женская форма фамилии Малагин, и её происхождение почти наверняка связано с прозвищем или именем Малага. Это не самая распространённая фамилия, и её корень вызывает интерес у этимологов.

Самый прямой путь — от слова «малага». В русских говорах «малагой» или «малаго» могли называть человека маленького роста, недоросля, либо же младшего в семье, «малого». В этом случае фамилия Малагин — типичная «патронимическая» фамилия, образованная с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «сын Малáги» (где Малага — прозвище или неканоническое имя). В пользу этой версии говорит и то, что в старых русских документах встречаются прозвища Малай, Маленький, Малюта — все они из того же гнезда «малый».

Есть и вторая, более редкая версия. В некоторых регионах, особенно в южнорусских или украинских говорах, «малагой» могли называть человека, который занимался приготовлением или продажей малаги — сладкого виноградного вина, известного ещё со времён античности (вино из испанского города Малага). Однако эта версия менее вероятна для крестьянской среды, где вино было редкостью, и скорее могла бы относиться к купеческому сословию. Но если предки были связаны с трактирным делом или торговлей, такой вариант не исключён.

Словообразовательная модель фамилии Малагин (суффикс -ин) характерна для северных и центральных областей России, где фамилии часто образовывались от прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Например, Малага → Малагин. Аналогичные фамилии: Балагин (от балага), Дорогин (от дорога), Корягин (от коряга). Фамилия Малагин могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей, и её носители, скорее всего, были незнатного происхождения.

Если же рассматривать фамилию в контексте женской формы Малагина, то она не несёт дополнительного смысла, а просто указывает на женщину из рода Малагиных. В дореволюционной России такая форма употреблялась в официальных документах (например, в метрических книгах) для обозначения жены или дочери Малагина.

В целом, фамилия Малагина — это яркий пример того, как прозвище, данное по внешнему признаку («маленький»), превратилось в родовое имя. Встречается она нечасто, но в основном в центральных и поволжских регионах России.