Фамилия Малагиева — женская форма фамилии Малагиев. Она образована по продуктивной модели с суффиксом -ев, который в русской ономастике чаще всего указывает на принадлежность: «чей?» — Малагиев, то есть сын или потомок человека по прозвищу Малага. Основа здесь — Малага. Это слово имеет несколько возможных значений, и разобраться в них помогает география и диалектная лексика.

Вероятнее всего, прозвище Малага связано с диалектным словом «малага» — так в некоторых русских говорах называли небольшую, невысокую вещь или человека маленького роста. Сравните с малорослый, малёк, малец. Человек невысокого роста или щуплого телосложения вполне мог получить такое прозвище, которое затем закрепилось за его потомками. Эта версия проста и логична: она опирается на живую словообразовательную цепочку «малый — малага — Малагиев».

Существует и менее очевидная версия, связанная с топонимом. Малага — это название испанского города и провинции, известного портом и вином. Однако маловероятно, чтобы русское крестьянское или посадское население в XVI–XVII веках, когда массово формировались фамилии, напрямую заимствовало прозвище от иностранного города. Такое могло бы случиться, если бы предок побывал в тех краях (например, моряк или купец), но для фамилии Малагиева это скорее исключение, чем правило. Обычно в русских фамилиях «географические» прозвища образуются от названий ближайших сёл и рек.

По суффиксу фамилия относится к «северному» типу: -ев/-ов характерен для центральных и северных областей России, тогда как на юге чаще встречается суффикс -ин. Встречаемость фамилии Малагиева невысока, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, корни семьи ведут в одну из областей Верхнего Поволжья или Русского Севера. Сословная принадлежность предков могла быть разной: прозвище Малага давали и крестьянам, и ремесленникам, и служилым людям. Однозначных сведений о знатности или дворянстве этой фамилии нет — в официальных родословных книгах она не значится.

Таким образом, в основе фамилии Малагиева лежит прозвище, характеризующее внешность или рост предка. Это типичная для русского ономастикона модель: от прозвища через притяжательное прилагательное к фамилии, которая закрепилась за родом.