Фамилия Малафиев ведет начало от крестильного имени Малафий — народной формы канонического имени Малахий. В переводе с древнееврейского оно означает «посланник Божий». В православной традиции имя связано с библейским пророком Малахией, последним из ветхозаветных пророков. Однако у носителей фамилии есть и другой небесный покровитель — святой Малахий, католический ирландский епископ, архиепископ Армы в Северной Ирландии. Ему приписывают несколько чудес и знаменитое «Пророчество о римских папах», где он якобы предсказал 112 понтификов вплоть до Судного дня.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Малафий добавляется типичный русский патронимический суффикс -ев, указывающий на происхождение от отца («чей?» — Малафиев). Таким образом, фамилия буквально означает «сын Малафия». Со временем, когда имя вышло из обихода, фамилия закрепилась как наследственная.

На письме встречаются варианты Малафеев и Малафиев — разница чисто орфографическая: в разговорной речи оба звучали одинаково, а при записи в документах могли отражать местные произносительные особенности. В отличие от более распространенной фамилии Малахов (от Малахия через форму Малаха), форма Малафий и производная от нее Малафиев встречается реже и чаще фиксируется в южнорусских и украинских говорах, где имя бытовало в церковной среде и среди крестьянства.

Искать прямую связь с каким-то конкретным сословием не стоит: фамилия могла возникнуть и в крестьянской, и в духовной среде — имя было популярно у всех слоев, а суффикс -ев не указывает на социальный статус.