Фамилия Малафева — женская форма от Малафеев, а тот, в свою очередь, восходит к редкому каноническому имени Малафей. Это народная, обиходная переработка крестильного имени Малахия, которое пришло из древнееврейского и означает «посланник Божий» или «вестник». В русской традиции библейские имена часто искажались до неузнаваемости: так, Малахия превратился в Малафея, а уменьшительные формы вроде Малаша, Малаха дали начало целому ряду фамилий — Малахов, Малашин, Малафеев.

В основе фамилии лежит не прозвище и не профессия, а именно имя. Это типичная «патронимическая» модель: Малафеев буквально значит «сын Малафея». Суффикс -ев указывает на принадлежность к роду, и такие фамилии массово закрепились в XVI–XVII веках у крестьян и посадских людей, когда отчество стало передаваться по наследству.

Примечательно, что в некоторых говорах имя Малафей могло звучать как Малафей, с ударением на последний слог, и даже смешиваться с греческим именем Малафей (от греч. «малакос» — мягкий, нежный). Однако церковная традиция связывает его исключительно с ветхозаветным пророком Малахией. Поэтому предок носительницы фамилии — скорее всего, человек, которого в крещении нарекли в честь этого библейского персонажа.

Фамилия Малафеева (с двумя «е») встречается реже, чем Малафеева, и это может указывать на разное происхождение: либо от той же основы, но с другим суффиксом, либо от менее распространённого варианта имени. В любом случае, географически Малафеевы чаще всего фиксируются в северных и центральных областях России — в Вологодской, Архангельской, Костромской губерниях, где старые имена сохранялись дольше.

Если искать однокоренные фамилии, то Малафеев стоит в одном ряду с Малаховым и Маланиным: все они произошли от народных форм библейских имён. Разница лишь в том, что «Малаха» — это уменьшительное от Малахии, а «Малафей» — полная, хотя и искажённая форма. Поэтому фамилия Малафеева — не про ремесло, не про внешность, а про имя предка, которое сегодня почти забыто.