Фамилия Малафеевская образована от имени Малафей — народной, разговорной формы канонического имени Малахий. В переводе с древнееврейского оно означает «посланник Божий»: так звали одного из библейских пророков, последнего в Ветхом Завете. В русской традиции имя Малахий (и его просторечный вариант Малафей) бытовало в крестьянской и мещанской среде, поэтому основатель рода Малафеевских, скорее всего, был человеком из простого сословия.

Словообразовательная модель фамилии необычна. Суффикс -евск- указывает на то, что перед нами не прямое отчество, а отчество второго порядка, так называемый патроним-«внучество». Фамилия Малафеевская буквально значит: сын Малафеева и внук Малафея. Такой способ образования — через притяжательное прилагательное на -ов/-ев с последующим добавлением суффикса -ск- — характерен для фамилий польской, украинской и белорусской традиции, а также для русских дворянских и духовных фамилий. Однако в случае Малафеевской социальный контекст иной: фамилия могла закрепиться за потомками крестьянина или однодворца, которого в документах записывали по деду.

Географически фамилия редкая. Её ареал — преимущественно западные и южные регионы бывшей Российской империи, где была сильна традиция фамилий на -ский. Встречается также вариант написания Малафеевский (мужская форма). Однокоренные фамилии — Малафеев, Малафей, Малахов, Малашка — образованы от того же имени, но по более простым моделям (без двойного суффикса). Таким образом, Малафеевская стоит в ряду фамилий, которые сохранили память о редком крестильном имени в его нецерковном звучании и о трёх поколениях предков.