Фамилия Малафееф — один из тех случаев, когда написание подсказывает историю вернее, чем звучание. Финальное -еф вместо привычного -ев выдаёт не случайную ошибку, а старую орфографическую норму. До реформы 1918 года в русском языке после шипящих и Ц писали не «ё», а «е» и не «о», а «ѡ» (омегу) в определённых позициях, но главное — фамилии на -ев и -ёв в документах XIX века часто передавали через «е»: Малафеев, Малафеевъ. Вариант с «ф» на конце — это уже искажение, возникшее при записи фамилии на слух, когда глухой звук [ф] в слабой позиции заменил звонкий [в]. Такое встречается в простонародной среде или у малограмотных писарей. Поэтому Малафееф — это не особая ветвь, а фонетический дубль фамилии Малафеев.

Основа фамилии — каноническое имя Малафей. Это народная, обиходная форма крестильного имени Малахия (в русской традиции — Малахий), которое пришло из древнееврейского и означает «посланник Божий» или «вестник». Имя было распространено в крестьянской и мещанской среде, особенно в северных и центральных губерниях России. От него образовались фамилии Малафеев, Малахиев, Малахов, а также Малафееф.

Суффикс -ев (в варианте -еф) указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Малафеев, то есть сын Малафея. Фамилия закрепилась в среде, где имя Малафей было частым, — у крестьян, ремесленников, духовенства. В отличие от дворянских родов, носители фамилии Малафееф вряд ли имели герб или запись в родословных книгах, но это не делает её менее интересной: она прямо говорит о том, что предок был Малафеем, а его потомки сохранили память об этом в написании, которое сейчас кажется необычным.

Если искать уникальную деталь, то в написании Малафееф слышен отголосок старой русской орфоэпии, когда в фамилиях на -ев после мягкого согласного звук [в] на конце оглушался до [ф] не только в произношении, но и на письме. Такие формы встречаются в метрических книгах XIX века, особенно в Вологодской, Архангельской и Вятской губерниях. Современный носитель фамилии Малафееф, скорее всего, столкнётся с тем, что его фамилию воспринимают как искажённый вариант, хотя на деле это просто застывшая в документах живая речь предков.