Фамилия Малафей звучит редко, но её происхождение прозрачно. В основе — церковное имя Малахия, которое в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». На Руси это имя давали в честь библейского пророка Малахии, жившего в V веке до н. э. Именно он, согласно Ветхому Завету, последним из малых пророков предсказал пришествие Мессии.

Народная речь упрощала сложные заимствованные имена: Малахия превратился в Малафея. Так имя попало в бытовой обиход, а от него образовалась фамилия. Интересно, что она не получила стандартного патронимического суффикса -ов или -ин. Фамилия Малафей застыла в чистой форме имени, что встречается реже, чем, скажем, Малафеев или Малахов.

Такая модель типична для украинской и белорусской традиции, где фамилии нередко оканчиваются на согласный и совпадают с самим именем или прозвищем. Поэтому предок носителя фамилии, скорее всего, происходил из западнорусских земель или с юга России. В документах XIX века Малафеи встречаются в Киевской, Могилёвской и Курской губерниях — это подтверждает географию бытования.

В русской среде имя Малахия со временем дало и другие фамилии: Малахов, Малашкин, Малашкевич. Малафей стоит особняком — без суффикса, в первоначальной народной огласовке. Это и есть его главная отличительная черта: фамилия сохранила не имя святого в книжной форме, а его живую, разговорную версию, какой её слышали в повседневной речи.