Фамилия Малафейчев происходит от имени Малафей — народной, производной формы библейского имени Малахий. В переводе с древнееврейского Малахий означает «посланник Божий» или «ангел», «вестник». Имя это встречалось в святцах, но в быту его часто переделывали на более привычный лад: вместо книжного Малахий в крестьянской и купеческой среде говорили Малафей, Малах, Малашка. От одной из таких форм и пошла фамилия.

Модель образования — одна из самых типичных для русских отчеств: суффикс -ев присоединяли к основе, оканчивающейся на мягкий согласный (в данном случае на «й»). Малафейчев буквально означает «сын Малафея». В документах XV–XVII веков, по данным историка С. Б. Веселовского, встречаются и другие варианты этого имени: Малафейко, Малафеец — что указывает на его широкое бытование в разных слоях населения.

Интересная деталь: суффикс -ев, а не -ов, нередко указывает на северное или северо-восточное происхождение фамилии (Вологодчина, Архангельский край, Вятка), где мягкие основы сохранялись дольше и последовательнее. В южных и западных говорах ту же фамилию могли бы записать как Малафейченко или Малафейчук. Таким образом, Малафейчев — это, скорее всего, фамилия из русского Севера или Поволжья, где имя Малахий в форме Малафей было особенно употребительно.

Встречаются и однокоренные фамилии: Малафеев, Малахов, Малашкин. Все они восходят к одному корню, но различаются суффиксами и степенью переработки исходного имени. Малафейчев — самая редкая из них, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если предок носитель этой фамилии, он почти наверняка жил в конкретной местности, где форма Малафей была в ходу, а не в соседней, где говорили Малах или Малашка.