Фамилия Малафеев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Малафеев послужило церковное имя Малахий. Фамилия Малафеев образована от церковного мужского имени Малахий, что в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». Основой же для фамилии послужила его просторечная форма Малафей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малафей, со временем получил фамилию Малафеев. О точном месте и времени возникновения фамилии Малафеев в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Малафеев представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.