Фамилия Малафеев, как и многие русские фамилии на -ев, восходит к крестильному имени. Её основа — просторечная форма Малафей, которая произошла от церковного имени Малахий. В переводе с древнееврейского это имя означает «посланник Божий». Таким образом, фамилия указывает на то, что её родоначальник носил имя Малафей.

Обратим внимание на словообразовательную модель. Суффикс -ев присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или [й] (в данном случае «фей»). Это типичная патронимическая модель, отвечающая на вопрос «чей?»: сын Малафея — Малафеев. Форма Малафей — результат народной адаптации книжного имени Малахий: русскому уху было привычнее заменить несвойственное окончание -ий на более простое -ей. Подобное преобразование встречается и в других именах: Иеремий — Еремей, Захарий — Захарей.

Интересно, что имя Малахий в святцах встречается нечасто, поэтому и фамилия Малафеев не принадлежит к числу широко распространённых. Её географически чаще можно встретить в центральных и северных областях России, где лучше сохранялись архаичные формы имён. В некоторых говорах существовал и вариант Малафей с ударением на второй слог, что могло дать начало фамилии Малафеев с тем же написанием, но иным произношением.

В отличие от фамилий, образованных от мирских прозвищ или названий профессий, Малафеев — чисто «именная» фамилия. Она не содержит указания на род занятий или особенность характера предка, а лишь связывает его с библейским именем. В ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна) такие фамилии относят к группе «канонических», образованных от крестильных имён в их народной, бытовой форме. Других версий происхождения, например от прозвища или заимствованного корня, у этой фамилии нет — лингвистический анализ однозначно указывает на имя Малафей.