Фамилия Малафеевский — наглядный пример того, как личное имя обрастает суффиксами, превращаясь в фамилию. В её основе лежит имя Малафей — народная, разговорная форма канонического имени Малахий. Имя это древнееврейское и означает «посланник Божий» (в Библии так зовут одного из малых пророков). В русской бытовой среде сложное имя Малахий упростили до более привычного Малафей — так же, как в своё время из Иоанна появился Иван, а из Иосифа — Осип.

Фамилия образована по модели, характерной для польской и западнорусской знати, но с оговоркой. Суффикс -ский обычно указывал на дворянское происхождение или принадлежность к географическому объекту (селу, усадьбе). Однако в случае с Малафеевским мы видим не топоним, а отчество, наращенное этим суффиксом. Фактически это отчество второго порядка: Малафеевский — сын Малафеева и внук Малафея. Сначала от имени Малафей образовалось отчество Малафеев («чей-то сын»), а затем к нему добавили -ский, что иногда делали для придания фамилии более «благородного» звучания или просто следуя моде на такие окончания среди духовенства и мещан.

Скорее всего, основатель рода Малафеевских был человеком из простого сословия. Имя Малафей, хоть и церковное по происхождению, в народе не считалось редким. Его давали при крещении, и оно не несло социального статуса. Лишь спустя поколения, когда внук Малафея оформлял документы, его могли записать как Малафеевского — либо по аналогии с соседями-однофамильцами, либо из-за работы писаря, привыкшего к суффиксу -ский.

Встречается фамилия в основном в западных регионах России, в Беларуси и на Украине — там, где исторически было сильно польское влияние на фамильную систему. В центральной и северной России носители фамилии редки. В написании возможны варианты: Малафеевский и Малафеевской (устаревшая форма с ударением на последний слог). Однокоренные фамилии — Малафеев, Малафей, Малафий — более распространены и как раз сохранили первоначальный, «простой» вид отчества.