Малафей — производная форма имени Малахий, которое в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». Скорее всего, основатель рода Малафеевских был человеком из простого сословия. Фактически фамилия Малафеевский представляет собой отчество второго порядка: Малафеевский — сын Малафеева и внук Малафея. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малафей, со временем получил фамилию Малафеевский.