Фамилия Малафеева образована от церковного мужского имени Малахий, что в переводе с древнееврейского означает «посланник Божий». Основой же для фамилии послужила его просторечная форма Малафей. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малафей, со временем получил фамилию Малафеева.