Фамилия Малафейчев образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. В её основе лежит имя Малафей — народная, разговорная форма канонического крестильного имени Малахий. С древнееврейского это имя переводится как «посланник Божий». Таким образом, предок современных Малафейчевых был человеком, которого в быту звали Малафеем, а его потомки закрепили это прозвищное имя в качестве родового.

Обратим внимание на суффикс. Фамилия заканчивается на -ев, а не на более привычный -ов. Это указывает на то, что исходное имя оканчивалось на мягкий согласный или «й» (Малафей → Малафеев). Однако в данном случае мы видим форму Малафейчев, а не Малафеев. Суффикс -ич в отчествах (а фамилии на -ичев часто восходят к отчествам на -ич) указывает на принадлежность к определённому роду: «чей?» — Малафейчев, то есть сын или внук Малафея. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных регионах России, а также в среде служилых людей.

О точном месте и времени возникновения фамилии Малафейчев сейчас говорить сложно. Процесс становления русских фамилий был долгим, и Малафейчевы могли появиться в разных уголках страны независимо друг от друга. Само имя Малахий (в народе Малафей) было довольно популярно среди крестьян и посадских людей, так что географических точек возникновения может быть несколько.

Можно сравнить эту фамилию с однокоренными: Малахов, Малафеев, Малафейкин. Разные суффиксы показывают, как в разных семьях по-разному оформляли одно и то же имя в фамилию. Форма Малафейчев — одна из самых редких и архаичных, что делает её особенно ценным памятником славянской письменности и культуры.