Фамилия Малафейкова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Малафейков. Прозрачнее всего она разбирается так: корень «Малафей-», суффикс «-ов-» и окончание «-а». Суффикс «-ов-» в русских фамилиях — классический патронимический, то есть указывающий на принадлежность к отцу: Малафейков буквально значит «сын Малафея». В основе лежит редкое сегодня, но хорошо известное в старину каноническое имя Малафей (церковная форма — Малахия, от древнееврейского «посланник Бога»). На Руси это имя бытовало в простонародной, «обрусевшей» форме, поэтому фамилия звучит не книжно, а по-деревенски плотно.

Интересная деталь: в фамилии сохранился нехарактерный для литературного произношения переход «х» в «ф». В церковнославянском варианте имя звучало как Малахия, но в живой речи «х» перед гласной смягчалось и переходило в «ф» — так появился Малафей. Такое фонетическое изменение встречается и в других фамилиях от библейских имён (например, Ерофей из Иерофей, или Пантелей из Пантелеимон). Это верный признак того, что фамилия сложилась в крестьянской или посадской среде, где писали на слух, а не по святцам.

Географически фамилия Малафейков и её производные тяготеют к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, а также к Поволжью. В этих регионах имя Малафей было в ходу вплоть до XIX века, особенно среди старообрядцев, которые держались за дореформенные имена. Встречаются и однокоренные фамилии: Малафеев, Малафейкин, Малахов (от Малах — краткой формы того же имени). Малафейкова стоит в этом ряду особняком именно из-за суффикса «-ов-»: он указывает не на прозвище, а на прямое отчество, то есть родоначальника звали Малафей, и его дети получили фамилию по отцу без дополнительных переосмыслений.

Если говорить о социальном контексте, то Малафейковы — это не дворянский род (таких фамилий с «-ов-» от редких канонических имён в высшем сословии почти нет). Скорее всего, предки были крестьянами или мещанами. Фамилия не получила широкого распространения, что делает её довольно редкой и локальной. Носительница такой фамилии может с высокой вероятностью проследить свои корни до конкретного села или волости на Русском Севере, где имя Малафей передавалось из поколения в поколение.