Фамилия Малафейкина — женская форма от Малафейкин, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени Малафей. Это народная, разговорная версия канонического крестильного имени Малахия (др.-евр. «посланник Божий»). В русской традиции имя Малахия, неудобное для произношения, подверглось упрощению: через промежуточные формы вроде Малафей оно и дало фамилию. Встречается и написание через «о» — Молофейкин, что отражает акающее произношение.

Модель образования типична для русских фамилий: основа (имя Малафей) плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Малафея). Суффикс -к- в основе («Малафей-к-а») — уменьшительный, но здесь он уже застыл в прозвищной форме, а не в уменьшительно-ласкательной. То есть фамилия буквально значит «потомок Малафейки» — человека, которого в быту звали уменьшительным Малафейка.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. Встречается в Архангельской, Вологодской, Костромской губерниях, реже — в Поволжье. Это не дворянская фамилия: носители были крестьянами или мещанами. Встречается она редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — если вы Малафейкина, ваши предки скорее всего жили компактно в одном регионе.

Спорная версия: иногда фамилию связывают с греческим «малакос» (мягкий) или с диалектным «малафей» (лентяй, рохля), но это маловероятно. Основная масса носителей получила фамилию от имени, а не от прозвища — на это указывает суффикс -ин, типичный для фамилий от личных имён, а не от качественных прозвищ.