Фамилия Малафиевы — один из тех редких случаев, когда церковное имя дало начало не одной, а сразу двум разным фамилиям, которые легко спутать. В основе лежит крестильное имя Малахий. В переводе с древнееврейского оно означает «посланник Божий». На русской почве это имя обросло народными формами: Малафей, Малафий, а в некоторых говорах звучало как Малафейка. Фамилия Малафиев (и её вариант Малафиевых в родительном падеже множественного числа) образована именно от формы Малафий.

В православной традиции почитается ветхозаветный пророк Малахия. В католической — святой Малахий, ирландский епископ, архиепископ Армы. Ему приписывают знаменитое «Пророчество о Папах» — список из 112 римских понтификов, который, по преданию, он получил в откровении. Но на бытовом уровне имя чаще связывали не с пророком, а с простонародным «малафей» — так в некоторых регионах называли вялого, медлительного человека. Впрочем, эта версия менее вероятна: фамилия явно восходит к календарному имени, а не к прозвищу.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Малафиев — буквально «сын Малафия». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или на -й. Интересно, что в документах XIX века встречаются обе формы — и Малафиев, и Малафеев. Первая считается более архаичной и книжной, вторая — обиходной. Носители фамилии Малафиевы, как правило, происходят из семей, где имя Малафий передавалось через поколение, что указывает на давнюю традицию именования в роду.

Точное время возникновения фамилии установить сложно. В крестьянской среде фамилии закрепились поздно, в основном после отмены крепостного права. Однако в среде духовенства и купечества фамилии на -ий/-ей встречаются раньше. Малафиевы могли быть как священниками (имя Малахия в святцах), так и крестьянами, получившими фамилию по имени деда. Окончательный ответ даст только генеалогическое исследование по конкретной ветви рода.