Фамилия Малафиюк — характерный пример украинской фамилии, образованной от крестильного имени. Её основа — каноническое имя Малахия (в русской традиции часто звучало как Малафей или Малафий), которое восходит к древнееврейскому «малахи» — «вестник», «ангел». В православных святцах это имя известно по библейскому пророку Малахии, последнему из малых пророков Ветхого Завета.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -юк, который в украинской ономастике выполняет роль патронимического показателя (отчества) и уменьшительности. В переводе на русский Малафиюк означает «сын Малафия» или «маленький Малафий». Такая модель образования фамилий с суффиксами -ук, -юк, -чук особенно распространена на западе Украины — в Волынской, Ровенской, Житомирской, Хмельницкой областях, а также в Полесье и на Подолье. Именно там фамилия Малафиюк встречается чаще всего.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Малафеев), украинский вариант Малафиюк прямо указывает на родство: предок носителя фамилии звался Малафием, и его дети или внуки получили прозвание по отцу. Со временем это прозвание закрепилось как наследственная фамилия. Встречаются также однокоренные варианты: Малафейчук, Малафеюк, Малафийчук, которые отличаются только произносительными или диалектными особенностями.

Имя Малахия в народной среде часто переосмысливалось. В некоторых говорах «малафей» могло ассоциироваться с диалектным словом «малафья» — так в ряде областей называли нерасторопного, рассеянного человека. Однако это скорее вторичное сближение, а не прямой источник фамилии. Основная версия остаётся церковной: через имя пророка.

Сословная принадлежность первых носителей фамилии Малафиюк была, скорее всего, крестьянской или казацкой. Фамилии на -юк в массе своей принадлежали простым людям, а не дворянству. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии фиксировались в ревизских сказках и метрических книгах западноукраинских губерний Российской империи, а также на территориях, входивших в состав Речи Посполитой.