Фамилия Малафиенко звучит как типичная украинская фамилия, и это действительно так. Её основа — имя Малафий, которое является народной формой канонического крестильного имени Малахия (от древнееврейского «посланник Бога»). В русской и украинской традиции имя Малахия часто превращалось в Малафей или Малафий, а в просторечии — в Малаха, Малашка. Суффикс -енко, характерный для украинских фамилий, означает «сын» или «потомок». Таким образом, Малафиенко — это буквально «сын Малафия».

Интересно, что фамилия Малафиенко имеет и вторую, менее очевидную версию происхождения. В некоторых говорах слово «малафья» или «малахай» могло означать не только имя, но и прозвище. Например, «малахаем» называли большую шапку-ушанку, а в переносном смысле — нерасторопного или простоватого человека. Однако эта версия менее вероятна: прозвищные фамилии с суффиксом -енко встречаются реже, чем образованные от крестильных имён, и обычно имеют более конкретную мотивировку.

Географически фамилия Малафиенко привязана к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России, куда переселялись украинские крестьяне в XIX веке. Встречаются и варианты написания: через «о» — Молофиенко (под влиянием аканья) или с удвоенной «ф» — Малаффиенко, но основная форма устойчива. В сословном отношении носители этой фамилии — почти исключительно крестьяне и казаки, так как фамилии на -енко в XVIII-XIX веках были массово распространены именно в этих средах.

Редкость фамилии в том, что она сохранила старую форму имени Малахия, которая в русском языке почти вытеснена книжным вариантом «Малахия» или просторечным «Малафей». Фамилия Малафиенко — живое свидетельство того, как церковное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в родовом прозвании.