Фамилия Манегин в своей основе имеет именование Манега — скорее всего, это обиходная, усечённая форма крестильного имени Мануил (от древнееврейского Иммануил — «с нами Бог»). В русской народной среде длинные имена сокращали: Мануил легко превращался в Манегу, а от него по стандартной модели притяжательности (чей? — Манегин) пошла фамилия.

Церковный покровитель имени — святой мученик Мануил, пострадавший за веру в 304 году в городе Сирмия вместе с Феодосием. Имя было распространено и у христиан, и у мусульман, что в быту создавало путаницу, но и порождало множество вариантов — от полного до просторечного.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Манегин буквально значит «сын Манеги». По такой же схеме возникли, например, Манечкин, Мануйлов, Манухин — все они восходят к одному корню, но разошлись по разным диалектным формам имени. Манегин — более редкий вариант, чем Мануйлов, и это делает фамилию ценной для локальной истории.

В документах середины XX века встречаются носители фамилии: Алексей Федорович Манегин (1895 г.р., деревня Горки Московской области) и Федор Митрофанович Манегин (1903 г.р., город Боровск Калужской области). Оба указывают на центральные губернии России, где фамилия могла закрепиться ещё в XVII–XVIII веках.

Если искать региональную привязку, то Боровск и окрестности — зона бытования калужских говоров, где усечение имён было нормой. Возможно, именно там форма Манега и стала основой фамилии, а не, скажем, в южнорусских или северных областях, где преобладали другие варианты имени.