Фамилия Малихонов — одна из тех, где корень не лежит на поверхности. Если отбросить патронимический суффикс -ов, остаётся основа Малихон. Это не календарное имя и не очевидное прозвище, поэтому здесь возможны две версии, и обе ведут в тюркскую среду.

Первая и самая вероятная: основа восходит к тюркскому мужскому имени Малик (от арабского «владыка», «царь»), которое в русской среде обрастало уменьшительными формами. Вариант Малихон — результат народной переделки: суффикс -хон (-хан) в тюркских языках означает «господин», «владыка» и часто присоединялся к именам (ср. Алихан, Мурзахан). Таким образом, Малихон — это «Малик-хан», то есть «господин Малик» или «царственный владыка». Фамилия Малихонов, соответственно, означает «потомок Малихона». Форма с -ов указывает на то, что фамилия складывалась уже в русской языковой среде, скорее всего, среди крещёных татар, башкир или других народов Поволжья.

Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с прозвищем от диалектного глагола «малихониться» — так в некоторых южнорусских говорах называли манерничать, ломаться, жеманничать. Человека с таким поведением могли прозвать Малихон, а его детей — Малихоновы. Однако эта версия слабее: глагол редкий, локальный, и вряд ли он породил фамилию, которая встречается далеко за пределами этих говоров.

Географически фамилия Малихонов тяготеет к Оренбуржью, Башкортостану и Татарстану — регионам, где веками жили татары и башкиры, принимавшие православие. В документах XIX века Малихоновы встречаются среди государственных крестьян и отставных солдат. Сословно это были, скорее всего, выходцы из служилых татар или ясачных крестьян, потерявших свой прежний социальный статус. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: ударение в фамилии плавающее. В одних семьях говорят Мали́хонов, в других — Малихо́нов. Второй вариант ближе к тюркскому произношению, где ударение падает на последний слог основы. Первый — результат обрусевания, когда ударение сместилось на привычный русскому уху второй слог.