Фамилия Малигонова, на первый взгляд, кажется составленной из двух корней — «молить» и «гнать». Однако такое объяснение, хоть и красиво, скорее всего, ошибочно. В русской ономастике прозвища, образованные от соединения двух глаголов, — явление крайне редкое и нетипичное. Гораздо вероятнее, что в основе фамилии лежит не славянское, а тюркское или кавказское имя Малик (царь, владыка) с добавлением суффикса -гон, который мог указывать на происхождение или принадлежность. В таком случае Малигон — это адаптированная форма имени, а фамилия означает «потомок Малигона».

Если же придерживаться версии с глаголами, то прозвище Малигон могло получить человек, который, как говорили в народе, «молится, да поспешает» — то есть верующий, но суетливый, не находящий времени для должного смирения. На Руси таких людей нередко корили пословицами: «Богу молись, а сам не плошись» или «Без толку молимся, без меры согрешаем». Фамилия закрепилась за потомками этого человека по типичной модели: прозвище на -а, -я плюс суффикс -ов (Малигон — Малигонов), а женская форма — Малигонова.

Обе версии имеют право на существование, но вторая — с именем Малик — выглядит убедительнее, так как опирается на реальные антропонимические модели народов, издавна соседствовавших с русскими.