Фамилия Малыгон — редкая, и её значение не лежит на поверхности. Чтобы понять, откуда она взялась, нужно смотреть не на готовое слово, а на способ, каким её образовали.

В основе фамилии лежит суффикс -он, который в русских фамилиях встречается реже, чем привычные -ов или -ин. Этот суффикс характерен для прозвищного типа: он присоединялся к основе глагола или прилагательного и превращал её в имя человека. Сравните: Вертигорон, Гуляйполе. В нашем случае основа — «малыг-». Самое прямое объяснение: это вариант слова «малыга» — так в южнорусских и украинских говорах называли низкорослого, маленького человека. Суффикс -он мог добавиться для усиления или под влиянием других прозвищных моделей. Таким образом, Малыгон — это «маленький человек» или «коротышка», но не в грубом, а в бытовом, прозвищном смысле.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «малыга» означала не только рост, но и нечто мелкое, незначительное — например, мелкую монету или мелкую рыбу. В этом случае прозвище могло закрепиться за человеком невысокого достатка или за тем, кто занимался ловлей мелкой рыбы. Однако для фамилии такая узкая профессиональная привязка менее типична, чем прямая характеристика внешности.

Географически фамилия тяготеет к западу и югу России, а также к востоку Украины. Встречается она в Брянской, Курской, Белгородской областях и в прилегающих районах Сумской области. Именно там суффикс -он в прозвищах был более употребителен, чем в северных землях. Сословно, скорее всего, это крестьянская фамилия: прозвища по внешним признакам давали в первую очередь в сельской среде, где человека знали в лицо и называли по характерной черте.

Что касается ударения, то в фамилии оно падает на последний слог — Малыго́н. Если бы ударение было на первый слог, это указывало бы на происхождение от украинской формы «мали́й» (маленький) с суффиксом -он, но в русском произношении закрепился именно конечный вариант.