Фамилия Малыгна — редкая и неочевидная для восприятия, поэтому начнём с главного: её происхождение почти наверняка связано с диалектным словом. В русском языке есть глагол «малыгать» (или «малыгаться») — в разных говорах он означает «мешкать, копаться, делать что-то медленно и неохотно». Соответственно, «малыга» — это прозвище для медлительного, вялого или ленивого человека. Фамилия Малыгна образована от этого прозвища по модели, характерной для северных и сибирских говоров: суффикс -н(а) в прозвищах и фамилиях (как в фамилиях Балахна, Коломна, но в данном случае — от основы на -г). То есть Малыгна — это «тот, кто происходит от Малыги» или просто застывшая форма прозвища.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла возникнуть из притяжательного прилагательного от имени Малыга (сравните: Малыгин — «чей?» — Малыгин сын). Однако окончание -на в русских фамилиях обычно указывает на женскую форму (Малыгина), а не на мужскую. Мужская фамилия Малыгна — это либо усечение (как в украинских или белорусских фамилиях на -а), либо результат своеобразного склонения прозвища, которое уже стало фамилией. В пользу диалектной версии говорит и то, что фамилия практически не встречается в центральных регионах России, а единичные носители зафиксированы на Урале и в Сибири — как раз в зоне распространения говоров с суффиксом -н(а).

Словообразовательно фамилия стоит особняком: суффикс -н(а) в русских фамилиях — редкость. Обычно он характерен для топонимов (Москва, Кострома, но Москвина — совсем другая модель). Здесь же мы видим, что основа Малыг- (от «малыга») получила окончание -на, что превратило прозвище в фамилию без дополнительных патронимических суффиксов. Это могло произойти в среде, где фамилии ещё не устоялись и закреплялись в документах «как слышатся».

Если предки носителя фамилии жили в деревне, то первым Малыгной, скорее всего, прозвали человека, который не торопился с работой, любил посидеть, подумать или просто был флегматичным по характеру. Прозвище давали не в обиду, а как меткую бытовую характеристику. Со временем оно перешло на потомков и закрепилось в документах именно в такой форме — без отчества и без суффикса -ин, что делает фамилию Малыгна уникальным примером диалектного словообразования в русской антропонимии.