Фамилия Малыгана — редкая, и её разбор требует внимания к суффиксу. В русской ономастике окончание -а часто указывает на женскую форму фамилии (например, Малыгина — жена или дочь Малыгина), но в данном случае перед нами нестандартное написание: Малыгана. Скорее всего, это искажённая или диалектная запись фамилии, образованной от прозвища Малыга. Основа здесь — «малый», то есть невысокий, младший по возрасту или положению. Суффикс -ыг- (-иг-) встречается в русских прозвищах и фамилиях как экспрессивный, часто с оттенком пренебрежения или ласки: Малыга — «маленький человек», «малыш». В словаре Б. Унбегауна такие модели описываются как типичные для северных и центральных говоров, где суффикс -ыга придаёт слову разговорный, даже простонародный оттенок.

Вероятно, фамилия Малыгана (в мужском варианте Малыгин, но с заменой суффикса на -ан) могла возникнуть в среде крестьян или посадских людей. Если же исходить из того, что Малыгана — это женская форма от мужской фамилии Малыган, то последняя могла быть образована от того же корня через суффикс -ан, который тоже характерен для русских прозвищ (сравните: Малыш, Малюта, Малец). В таком случае предок носителя фамилии был известен как «Малыган» — человек маленького роста или младший в семье. Географически фамилия могла закрепиться в регионах, где активно использовались уменьшительно-пренебрежительные формы на -ыга: в Поволжье, на Урале или в Сибири, куда переселялись крестьяне из центральной России.

Спорный момент: не исключено, что основа не «малый», а тюркское слово «малыг» (скот, богатство) или «малык» (владелец), но это маловероятно для русской фамилии с суффиксом -ыг-. Скорее всего, перед нами чисто славянское прозвище, которое со временем застыло в фамилии. Известных носителей с такой фамилией в истории почти нет, что говорит о её локальном бытовании — возможно, она сохранилась в одном-двух родах. Если вы встретили фамилию Малыгана, то, вероятно, предки были людьми незнатного происхождения, жившими в сельской местности, а прозвище дали за небольшой рост или возраст.