Мирское имя Малыга образовано от прилагательного «малый» и указывало на небольшие размеры новорождённого. Согласно другой гипотезе, фамилия Малыга восходит к прозвищу Малыга, которое указывало на особенности внешности человека, а именно на невысокий рост. Веселовского упоминаются однокоренные именования: Борис Васильевич Малой (конец XV века, Новгород), Малыга (крестьянин, конец XV века, Переяславль), Малыгины (с конца XV века, Ярославль и Новгород), Малышкины Василий и Матвей Родионовичи (1569 год, Ярославль).

Фамилия Малыга — редкий пример, где прозвище стало фамилией почти без изменений, без типичных суффиксов -ов или -ин. Суффикс -ыга придаёт слову разговорный, даже чуть пренебрежительный оттенок, как в словах «бедняга» или «работяга». В сочетании с корнем «мал-» такое окончание закрепляло за человеком прозвище по самому заметному признаку — маленькому росту или щуплому телосложению. В отличие от фамилий вроде Малышев или Мальков, где суффикс смягчает основу, Малыга звучит прямо и грубовато, что выдает её простонародное, крестьянское происхождение. Первые носители — крестьяне из Переяславля и окрестностей Ярославля, где фамилия встречается до сих пор чаще, чем в других регионах.