Мирское имя Малыга образовано от прилагательного «малый» и указывало на небольшие размеры новорождённого. Согласно другой гипотезе, фамилия Малыга восходит к прозвищу Малыга, которое указывало на особенности внешности человека, а именно на невысокий рост. Веселовского упоминаются однокоренные именования: Борис Васильевич Малой (конец XV века, Новгород), Малыга (крестьянин, конец XV века, Переяславль), Малыгины (с конца XV века, Ярославль и Новгород), Малышкины Василий и Матвей Родионовичи (1569 год, Ярославль).