Фамилия Малигонов — редкий случай, когда прозвище сложили из двух глаголов. Её основа — «молить» и «гнать». Первая часть отсылает к молитве, смирению, вере, но вторая резко меняет смысл: «гнать» — значит спешить, торопиться. Человек с прозвищем Малигон, скорее всего, был вечно занят, делал всё на бегу и молился второпях, «гнал» молитву, не вдумываясь в слова. В народе таких неодобрительно называли скороспелыми богомольцами — отсюда и ирония в прозвище.

Модель образования простая: прозвище Малигон плюс типичный русский суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — Малигонов). По сути, это отчество от прозвища. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мали́гонов.

Суффикс -ов — самый распространённый в русских фамилиях, он говорит о том, что фамилия сложилась в центральных или северных землях Руси, где преобладала эта модель. В южных и западных регионах чаще встречались бы варианты на -енко или -ук.

Никакой связи с иностранными языками или географическими названиями у этой фамилии нет — это чисто русская, бытовая, даже с намёком на насмешку характеристика человека. Потомок Малигона просто унаследовал отчество, которое со временем закрепилось как фамилия.