Фамилия Малигоновы — редкий пример того, как прозвище строится из двух глагольных корней, соединённых в одно слово. В основе лежит прозвище Малигон, которое, скорее всего, образовалось от «молить» и «гнать». Такая конструкция («моли-» + «-гон») нестандартна для русских прозвищ, и именно это делает фамилию особенно интересной для этимолога.

Первый корень, «молить», указывает на смирение, веру, обращение к Богу. На Руси таких людей уважали, но и пословиц о молитве сложили немало: «Богу молись, а сам не плошись» или «Без толку молимся, без меры согрешаем». Второй корень, «гон» (от «гнать»), привносит значение спешки, торопливости. Получается парадоксальный образ: человек, который молится второпях, «гонит» молитву, не вдумываясь в слова. Возможно, прозвище дали тому, кто крестился на ходу, торопясь по делам, или же тому, кто излишне рьяно, настойчиво выпрашивал что-то у Бога — «гнал» мольбу.

Суффикс -ов в фамилии Малигонов указывает на принадлежность: буквально «сын Малигона». Такая модель была самой распространённой в центральных и северных землях России. Точное место возникновения фамилии установить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве родовых имён шёл несколько столетий, и Малигоновы могли появиться в любой из областей, где бытовали подобные двухосновные прозвища.

Фамилия Малигонов запоминается необычным звучанием и редкой словообразовательной моделью. Она не связана с географическими названиями или профессиями — это чисто прозвищная фамилия, которая отражает характер или поведение конкретного человека.