Фамилия Мфлигонов — редкий случай, где исходное слово почти не поддаётся однозначной расшифровке. На первый взгляд она выглядит как типичная патронимическая фамилия на -ов, образованная от прозвища или имени Мфлигон. Но что стоит в основе — вопрос, на который нет готового ответа ни в одном из доступных ономастических справочников.

Суффикс -ов указывает, что фамилия сформировалась в центральнорусской или северной традиции: «чей?» — Мфлигонов, то есть сын или потомок Мфлигона. Сама основа «Мфлигон» не встречается в православных святцах, не является ни крестильным, ни каноническим именем. Это наводит на мысль о прозвищном происхождении.

Здесь возможны два пути. Первый — искажение при переписи. В XIX веке писарь мог записать фамилию на слух, и исходное «Мелигонов», «Малигонов» или «Мофлигонов» превратилось в «Мфлигонов». Такое часто случалось с редкими или непонятными писарю звукосочетаниями. Второй путь — искусственное образование: в семинарской среде или при выдаче паспортов крестьянам фамилию могли «сконструировать» из случайного набора букв или производного от географического названия (например, от названия хутора или урочища, не сохранившегося на картах).

Никакой достоверной версии о значении корня «мфлиг» лингвистика не даёт. Слово не прослеживается ни в русских диалектах, ни в тюркских, ни в финно-угорских заимствованиях. Вероятнее всего, перед нами фамилия-«загадка»: её носитель вряд ли узнает, кем был предок по прозвищу, но может точно сказать, что фамилия закрепилась в конкретной местности и, скорее всего, в единственном роде. Поиск по базам данных показывает, что Мфлигоновы встречаются единично — это не массовая фамилия, а локальный ономастический уникум.