Фамилия Малогон — редкий случай, когда первая часть сложения указывает не на качество, а на количество. В её основе лежит сочетание «мало» и «гон». «Гон» в русских говорах имел несколько значений: расстояние, которое проходит плуг без поворота (мера длины поля), участок земли, прогон скота или же сам процесс езды, погони. Скорее всего, прозвище Малогон дали человеку, владевшему небольшим участком пашни — «малым гоном». В крестьянской среде, где земля была главным мерилом достатка, такое прозвище точно указывало на хозяйство, а не на рост или возраст.

Модель образования предельно прозрачна: фамилия застыла в форме именительного падежа единственного числа, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Это характерно для украинской и южнорусской ономастики, где прозвища нередко переходили в фамилии в чистом виде. Встречаются и однокоренные варианты — Малогонов, Малогонский, но Малогон — исходная, самая старая форма. По сути, это не фамилия в привычном смысле, а прозвище, закреплённое за родом.

Спорных версий немного. Можно предположить связь с диалектным «гон» в значении «гончая собака» или «гонщик», но тогда смысл «малый гон» становится туманным: то ли собака плохая, то ли гонщик низкорослый. Эти гипотезы слабее земледельческой. Бытование фамилии фиксируется в основном на западе и юге России, а также в восточных областях Украины — как раз в зоне распространения бессуффиксных фамилий от прозвищ, описывающих земельные наделы.

В ономастических трудах Б. Унбегауна и В. Никонова подобные модели разбираются на примере фамилий Малозёмов, Малоземов, Маловеков. Малогон стоит в том же ряду, но с более узким, конкретным значением: не общий недостаток, а конкретная мера — малая полоса пашни. Фамилия не получила широкого распространения, что неудивительно: прозвище было слишком привязано к одному хозяйственному признаку, в отличие от более универсальных Малых или Малова.