Фамилия Малогин происходит от имени или прозвища Малюга (Малога). Слово «малый» здесь — основа: так могли назвать младенца, родившегося маленьким и слабым, либо взрослого человека невысокого роста. В русской традиции такие имена (Малюта, Малява, Малюга) давали не в обиду, а как оберег — считалось, что имя, подчёркивающее «малость», обманет злых духов и поможет ребёнку вырасти здоровым.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Малогин, то есть сын или потомок Малоги. Это одна из самых распространённых моделей русских фамилий, особенно в северных и центральных областях, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на -ов.

Интересно, что форма Малогин — не единственная в этом гнезде. В документах встречаются однокоренные Малогины, Малюгины, Малютины и даже Малыхины. Все они отталкиваются от одного корня, но различаются суффиксами, которые когда-то обозначали разные диалектные варианты одного прозвища.

Точное место возникновения фамилии не установлено, но по косвенным данным — по встречаемости в переписях XIX века — носители фамилии Малогин чаще всего записаны в Вологодской и Костромской губерниях. Это согласуется с тем, что мирские имена от прилагательного «малый» были особенно распространены именно на Русском Севере.

В отличие от многих фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Малогин — фамилия от прозвищного имени, то есть более древняя по духу, напрямую связанная с бытовой речью и народной традицией имянаречения.