Фамилия Малогин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Малогин послужило мирское имя Малюга. Мирское имя Малога образовано от прилагательного «малый» и указывало на небольшие размеры новорождённого. Согласно другой гипотезе, фамилия Малогин восходит к прозвищу Малога, которое указывало на особенности внешности человека, а именно на невысокий рост. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малюга, со временем получил фамилию Малогин. О точном месте и времени возникновения фамилии Малогин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Малогин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.