Фамилия Мальгин (и её семейная форма Мальгины) образована от имени или прозвища Мальга, а оно, в свою очередь, — от прилагательного «малый». Так в старину могли назвать младшего ребёнка или просто малыша, указывая на его размеры или возраст. В крестьянской среде такие «домашние» имена (Малец, Малой, Мальга) были привычнее церковных, поэтому фамилия накрепко привязалась к роду.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мальгин, то есть сын или потомок Мальги. Это типичная патронимическая модель для русских фамилий, образованных от основ на -а/-я. Встречается она повсеместно, но особенно часто — в северных и центральных губерниях России.

Впрочем, не обязательно, что Мальга — это обязательно ребёнок. Прозвище мог заслужить и взрослый человек невысокого роста. В говорах слово «мальга» фиксируется и в значении «коротышка», «недоросль». Так что фамилия могла закрепиться за конкретным человеком по его внешности, а уже потом перейти к детям, которые роста отца уже не наследовали.

Точное время возникновения фамилии Мальгин установить сложно: письменные источники фиксируют её не ранее XVII века, но в устном обиходе она бытовала, скорее всего, раньше. Известно, что в переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Вятском крае и на Русском Севере — регионах, где активно бытовали прозвищные имена.

Однокоренные фамилии — Мальков, Мальцев, Малютин — образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Мальгин стоит особняком: основа на -г- встречается реже, что делает фамилию менее «массовой» и более локальной.