Основой фамилии Мальгин послужило мирское имя Мальга. Мирское имя Мальга образовано от аналогичного нарицательного, которое восходит к прилагательному "малый". В семьях ребенка часто называли просто Малец, Малой или другим именем, указывающим на размеры новорождённого. Однако не исключено, что в основе фамилии Мальгин лежит прозвище, которое получил человек небольшого роста. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мальга, со временем получил фамилию Мальгин.