Основой фамилии Мальгинов послужило мирское имя Мальга. Фамилия Мальгинов — это отчество второго порядка: Мальгинов — дочь Мальгина — внучка Мальги. Она образована от мирского имени Мальга, которое восходит к прилагательному «малый». В семьях ребенка часто называли просто Малец, Малой, Мальга или другим именем, указывающим на размеры новорождённого. Однако не исключено, что в основе фамилии Мальгинов лежит прозвище, которое получил невысокий, миниатюрный человек. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Мальга, со временем получил фамилию Мальгинов.