Фамилия Мальгинов — редкий пример отчества третьей ступени, или «внучьего» имени. Если обычная модель выглядит как «Иван → Иванов», то здесь цепочка длиннее: сначала было личное имя или прозвище Мальга, от него образовалось отчество Мальгин (сын Мальги), а уже от него — фамилия Мальгинов, то есть буквально «внук Мальги». Такой способ словообразования встречается нечасто и говорит о том, что имя Мальга было в роду укоренённым, передававшимся через поколение.

Основа Мальга — это краткая форма от прозвища, связанного с корнем «мал-». В старину ребёнка запросто могли назвать Малым, Мальцом или Мальгой, чтобы подчеркнуть его маленький рост или возраст. Со временем прозвище закреплялось как нецерковное, мирское имя и переходило к потомкам. Впрочем, не исключён и другой вариант: Мальга могло быть прозвищем взрослого человека невысокого, миниатюрного телосложения — такое объяснение не менее правдоподобно.

Суффикс -ин- в фамилии Мальгинов необычен: он указывает на принадлежность («чей?»), но в данном случае он наслоился на уже готовое отчество Мальгин. В результате получилась форма, характерная для северных и центральных регионов России, где «внучьи» фамилии встречались чаще. Написание фамилии устойчивое, без вариантов — с суффиксом -ов на конце, что типично для русской фамильной системы.

О сословной принадлежности носителей фамилии Мальгинов данных нет, но по модели образования можно предположить, что предки были крестьянами или посадскими людьми — именно в этих средах мирские имена и развёрнутые отчества держались дольше всего.